Enligt arkivbeskrivningarna byggdes träkyrkan Johannes den barmhärtige 1193. Byggandet av stenkyrkan började 1421 (troligen 1422 - 1423) och slutfördes 1672. För närvarande är det en liten kubisk byggnad med ett altare avsats.
1400 -talets murverk är gjord av rött skal med en liten mängd grå kalksten; murverket på 1600 - 1700 -talet är av tegel.
Innan den sista omstruktureringen av St. John the Merciful hade särdrag hos Novgorod -arkitekter från början av 1400 -talet som gör det möjligt att ranka den bland de unika monumenten i lokal arkitektur. Det är det tidigaste av de tempel som bevarats i Veliky Novgorod med en enda pelarrefektoryskammare, som också ligger ovanligt - inte från väst, utan från norra kyrkan.
Under andra världskriget skadades kyrkan allvarligt och i början av restaureringsarbetet var den i ett kritiskt tillstånd. Tack vare restaureringen kom templet tillbaka i närmast 1600 -talets utseende, bevarade formerna från 1400 -talet och några senare detaljer samtidigt.